醫院以"科教興院"作為發展的主體戰略。南京醫科大學精神病學、神經病學、醫學心理學三個教研室設在該院。承擔南京地區三所高等醫學院校和一所護校的教學和臨床實習任務，還是衛生部精神醫學、兒童精神醫學培訓基地，省衛生廳神經內科、腦電圖、腦立體定向與功能神經外科培訓基地.多年來，為全國各地培養了專業技術人員2000余名。1994年被國家教育部認定為神經病學和精神病學碩士授予點2003年被認定為神經病學博士學位授予點。 

南京神經精神病學研究所是1984年南京市人民政府批準設在南京腦科醫院的神經精神病學研究機構，下設15個研究室。建所12年來，在翟書濤教授的主持下，開展神經精神病學的應用基礎和臨床研究，從1994年承擔國家、省、市級別及南京醫科大學科研項目20項。"八五"以來共獲科研成果42項，獲省部級獎5項。